Родился 20 января 1952 года в Славгороде Алтайского края. В 1976 году окончил Свердловский архитектурный институт, в 1978-1982 годах работал художником-постановщиком на Свердловской киностудии, участвовал в создании фильмов “Гонка с преследованием”, “Дым Отечества”, “Казачья застава”, “Вот такая музыка”. Хотиненко работал у Никиты Михалкова ассистентом в картинах “Обломов”, “Пять вечеров”, “Родня”. В 1981 году окончил Высшие курсы сценаристов и режиссеров.

Дебютом Владимира Хотиненко как постановщика стала картина “Один и без оружия” (1984). Фильмом “Зеркало для героя” (1987) Хотиненко ярко заявил о себе как о многообещающем режиссере, и последующие работы выдвинули его в число ведущих российских мастеров кино. Большой отклик у зрителей и специалистов вызвали фильмы Владимира Хотиненко “Макаров” (1993) и “Мусульманин” (1995). Большой успех имели такие режиссерские работы, как «Гибель империи» (2004), «72 метра» (2003), «1612» (2007).

В 2001 выступил в качестве постановщика четырех частей “возрожденного” сериала “Следствие ведут Знатоки”. В 2011 году снял сериал “Достоевский”.

Как актер снялся в картинах “Казачья застава”, “За кем замужем певица?”, “Самолет летит в Россию. Преподает во ВГИКе режиссуру игрового кино, с 1999 ведет режиссерско-сценарную мастерскую на Высших курсах сценаристов и режиссеров.

С 2010 года — член Патриаршего совета по культуре.

Был удостоен званий Заслуженного деятеля искусств Российской Федерации (2001) и Народного артиста Российской Федерации (2010).